Au retour du séjour en Inde, John décide de  divorcer. Il tentera de poursuivre sa première femme pour adultère, mais cela se retournera contre lui.

 On apprend que Yoko est enceinte. Celui qui vivra le plus mal ce divorce c'est le fils de Lennon, Julian. Paul composera pour lui "Hey Jude". (McCartney est très proche du fils de Lennon).

La présence de Yoko perturbe les autres membres du groupe mais elle est la muse de Lennon. Elle le fait se sentir mieux.  Dans le groupe tout le monde commence à se la jouer solo, chacun a son morceau où les autres assurent seulement le rôle de musiciens. Cette époque donnera l'"Album Blanc", 30 morceaux qui sont le début de la fin des "Beatles". Le duo Lennon McCartney ne fonctionne plus.  Malgré tout le groupe donnera un dernier concert surprise et totalement improvisé le 30 Janvier 1969 sur le toit de l'immeuble studio " Apple".

La fin des " Beatles" est là. John  n'a pas encore commencé sa carrière solo. Il sortira avec Yoko 3 albums de musique expérimentale entre 1968 et 1969. John continue son chemin hors du groupe. En Décembre 1968 , le couple Yoko Lennon participe au Rock and Roll Circus des Rolling Stones. Lennon pour l'occasion crée un groupe "the Drity Mac" référence au  groupe Fleet wood Mac. Il sera composé de Lennon (chant et guitare rythmique), d' Eric Clapton ( guitare solo),de Mitch Michell du Jimi Hendrix expérience ( batterie) et de Keith Richards des Rolling Stones   (basse) :  oui que du beau monde! Ce groupe interprétera "Yes Blues" (un texte jugé trop personnel par le producteur des "Beatles" et que John avait composé pour l'album blanc), ce morceau sera suivi d'un Boeuf avec Yoko au Chant et Ivry Gitlis au violon.

Les "Beatles" sont toujours un peu là. Ils doivent tourner le documentaire "Get Back" (qui par la suite s'appellera finalement "Let It Be"). Mais l'ambiance sur le tournage est maussade, George Harrison quittera le tournage pendant 12 jours en 1969.

John s'engage encore plus sur le plan politique, surtout sur le sujet de la guerre au Viet Nam. John et Yoko se marient le 20 Mars 1969 à Gibraltar et ils organisent leur premier et plus célèbre bed-in pour la paix ( d'ailleurs pour  info les Bed-in existent encore et sont toujours des actions pacifiques pour la paix dans le monde). C'est à cette époque que John écrit la chanson "The ballad of John and Yoko". John enregistre ce morceau le 14 Avril 1969 avec pour seul musicien Paul qui joue de beaucoup d'instruments. C'est à cette même époque qu 'il décide de prendre comme deuxième nom de famille Ono.

En Juillet 1969 John lance son premier single solo même si  attribué au " Platic Ono Band"( groupe illusion sur une idée de Yoko qui consiste à mettre des mannequins en plastique sur scène d'où le nom du groupe). Le single sera malgré tout crédité sous le nom du duo "Lennon McCartney"(donc aux "Beatles"). D'un côté cela arrange John car il ne sent pas de lancer en premier sa carrière solo et de l'autre il n'est pas vraiment prêt à perdre Paul , son duo, son complice.